Die Kirche ist ein einschiffiger, rechteckiger Bau mit einer fünfseitigen Apsis. Im Laufe der Jahrhunderte hat die Feldsteinkirche mehrere Umbauten erfahren. Die letzte Erneuerung fand Ende des 19. Jahrhunderts statt. Aus dieser Zeit stammen auch der hölzerne Altar, die Kanzel, das Kirchengestühl und die Weltempore mit Harmonium. Die wenigsten Veränderungen hat im Laufe dieser Zeit der alte Wehrturm der Kirche erfahren. Patron der Kirche war der Rittergutbesitzer von Krumke. Seit 1821 war Natterheide Nebenkirche von Schmersau. Davor gehörte es zu Späningen.
In der Kirche hängt eine Gedenktafel zu Ehren der drei Gefallenen und der drei Vermissten des Ersten Weltkrieges. Im Zweiten Weltkrieg mussten zwölf Männer aus Natterheide ihr Leben lassen